ISO14001認證有效地實施，組織應結合組織的類型、規模和特點，設置環境管理體系運行的綜合管理部門(可以是臨設，相當于前述的工作組)。作為管理者代表的主要助手和體系的專責部門，該綜合管理部門的主要任務是落實環境管理體系的策劃、建立、運行、協調和監督管理，不斷發現體系運行中出現的問題并及時予以糾正、調整和改進。具體而言，其職責包括：
1、負責ISO14001初始環境評審的組織和策劃。
2、負責ISO14001認證體系文件的編制與發布。
3、負責ISO14001認證體系實施運行中的組織協調。
4、負責體系實施的監測和測量。
5、協助管理者代表組織內部審核。
6、負責管理評審工作的組織和準備。
各部門可設一位內審員，負責本部門的體系建立與運行，這些人員可作為該綜合管理部門(工作組)的兼職人員。
另外，還需要落實和完善環境管理的組織結構關系，可分為以下工作：
1、明確各職能部門的ISO14001環境管理功能和所涉及的管理體系要素。
2、明確ISO14001環境管理體系中各管埋要素的主要職能部門和相關職能部門。
3、指明各職能部門在實施相關管理體系要素中的主要職責和權限。
4、在環境管理體系的管理要素職能分配中應包含監督機制。除了在管理體系要素實。
施過程中加強自檢、自查外，還應健全環境管理體系運行申的監督機制，從組織的管理機構上給予一定的保證。