在HACCP的運用過程中，使用微生物標準，是進行關鍵控制監測最有效的方法。關鍵控制點監測也可用物理、化學及感官評估等方法來完成。主要有以下6個程序： 

　　1.危害分析：要從原料的生產、加工工藝步驟以及銷售和消費的每個環節可能出現的多種危害（包括物理、化學及微生物的危害）進行確定，并評價其相對的危害性，提出預防的措施。 

　　2.關鍵控制點（CCPS）的確定：關鍵控制點是指那些若控制不力就會影響產品的質量，從而危害消費者身體健康的環節。一般說來，關鍵控制點要少于6個。一旦被確定為關鍵控制點則都要照例進行監測。所以說，關鍵控制點的選擇是HACCP系統的主要部分。 

　　3.設定管制CCPS的標準：對已經確定的每一個CCPS，都必須制訂出相應的管制標準和適當的檢測方法。經常管制的標準包括：時間、溫度、水份活度（a.）、pH值、可滴定酸鹽的濃度、防腐劑含量、有機氯濃度等。 

　　4.標準設定后，每一個CCPS都必須進行例行監測，以確保每一環節都維持在適當的管制狀態下。每次CCPS檢測的結果都要進行認真記錄、存檔，便于今后對可能出現的事故進行分析鑒定。 

　　5.CCPS修正計劃：當發現某一個CCPS超出管制標準，應有臨時性修正計劃，該計劃包括如何使CCPS回復到再管制狀態以及建議在CCPS超出管制標準期間所生產的產品如何處理。 

　　6.HACCP系統有效性確認：HACCP系統有效性確認是通過對最終產品進行微生物、物理、化學及感官檢測來完成的。特別是微生物檢測是最為有效的確認指標，但微生物檢測法通常不直接用來檢測CCPS。有效性確認可以是廠家自查或請政府檢測機構來完成。 

企業HACCP認證的主要程序：

　　認證機構作為第三方認證的基本程序一般分為以下幾個階段：認證資料審核受理、現場審核、糾正措施及跟蹤、認證審核報告、認證后的監督。

　　1. 企業根據自己的實際情況，按照規定提出認證申請，填寫《HACCP體系認證申請書》。在提出申請的同時陰干認證機構的要求提交相關資料。認證機構對申請企業歲遞交的資料進行初步審核，決定是否受理其認證申請。認證文件資料的審核簡稱文審。文審時進行現場認證的基礎。經資料初審可接受申請的，雙方須簽訂認證合同，不予受理認證的認證機構應發放不予接受申請的通知書。

　　2. 簽訂認證合同后，認證機構組建審核小組，進入資料技術審核階段。文件資料審核主要是對其符合性、系統性、充分性、適宜性、協調性進行的審核。根據審核情況，決定是否赴企業進行初防，初步了解企業HACCP體系運作情況，為審核的可靠性收集信息。在文件資料審核、初訪的基礎上，編制HACCP體系現場審核計劃。

　　3. 審核組由組長、審核員、專業審核員組成，組內至少配備一名有相關專業能力的成員。?審核組要參加企業的見面會，按計劃或方案進行現場審核。通過現場觀察、記錄審查、提問??抽查等方法，應對現場審核提出評審意見，歸結審核證據，溝通審核結果，編寫認證審核報告

　　4. 審核結論包括三種情況：推薦認證通過;推遲認證通過;不推薦認證通過。?在HACCP的認證過程中，糾正措施一般有現場跟蹤驗證;對糾正措施的實施記錄追蹤檢查;對糾正措施實施方案的跟蹤。要求三個月內完成糾正措施。根據《認證機構實施HACCP質量體系認證的認可基本(試行)》的規定，認證機構需每年組織全部體系進行一次復評，復評至少包括一次文件審查和一次現場審核。

　　認證機構可對獲證企業進行監督審核，通常為半年一次，監督企業實施HACCP體系。